Arrivée à Poudlard, Hermione va comme les autres élèves de première année découvrir avec émerveillement le château en passant sur le lac au bord duquel il s'élève. Avec un mélange d'excitation et d'appréhension, elle va entrer dans celui-ci et découvrir plusieurs de ses aspects dont elle avait bien entendu déjà pris connaissance dans ses livres, notamment le plafond étoilé de la Grande Salle (qu'elle ne se privera pas de décrire à une de ses camarades).
Prenant part à la Cérémonie de la Répartition, c'est elle qui va être appelée en premier par le professeur McGonagall pour être répartie dans une maison, par le biais du Choixpeau magique. Après un bref moment de réflexion de celui-ci, hésitant à l'envoyer à Serdaigle pour son intelligence, il l'envoie finalement à Gryffondor (décelant sans doute beaucoup de courage chez la jeune fille). Hermione, qui appréhendait beaucoup ce moment, est finalement ravie de se retrouver dans ce qu'elle considérait peut-être comme la meilleure maison de Poudlard.
Rejoignant ensuite la salle commune de Gryffondor, les trois compères sont déviés de leur trajectoire par les escaliers « qui n'en font qu'à leur tête », ceux-ci les déroutant malencontreusement vers le 3e étage, cette année-là interdit d'accès. Se retrouvant contraints d'aller s'y cacher, après que Miss Teigne, la chatte de Rusard (le concierge de l'école), les ait surpris à cet endroit, ils se retrouvent à leur plus grande frayeur face à un gigantesque chien à trois têtes, qui menace de les dévorer ! Après avoir vite rejoint leur salle commune, se remettant de leurs émotions, Hermione, plus perspicace qu'Harry et Ron, leur fait remarquer qu'il était assis sur une trappe, avant de vite rejoindre son dortoir, craignant que les deux autres, par leur mauvaise influence, réussisse à la faire « tuer, ou pire : expulser ».
Quelques jours plus tard, Hermione se fait à nouveau remarquer au cours de sortilèges enseigné par le professeur Flitwick. Les élèves devant réaliser un Wingardium Leviosa (qui vise à faire léviter des objets, en l'occurrence ici de simples plumes), Hermione, qui se trouve à côté de Ron, se voit obligée de le reprendre tellement ce dernier s'y prend comme un manche. Agacé, celui-ci la somme de lui faire une démonstration. Hermione s'exécute alors et fait s'envoler la plume jusqu'au plafond, recevant une nouvelle fois les éloges du professeur.
Remonté contre elle par dépit, Ron va assez lâchement se venger en se moquant d'elle et de ses airs devant ses camarades à la sortie du cours, disant même comprendre pourquoi elle n'a pas d'ami(e)s. Malheureusement, Hermione, se trouvant juste derrière eux, va l'entendre, et s'en trouver profondément blessée. Elle en ratera même le banquet d'Halloween le soir-même, allant se réfugier dans les toilettes des filles pour y pleurer toutes les larmes de son corps. Ces premières semaines à l'école des sorciers n'étaient décidément pas vraiment ce qu'elle avait imaginé tout au long de l'été.
S'apprêtant à sortir des toilettes après quelques heures, elle tombe nez-à-nez avec un imposant troll des montagnes. Prise de frayeur, elle va alors se réfugier dans les cabinets qu'elle vient à peine de quitter. Tandis que le troll essaye de l'assommer avec son gourdin, détruisant les toilettes au passage, elle tente de s'enfuir mais la créature lui bloquant la sortie, elle est rapidement prise au piège. C'est alors qu'Harry et Ron, prévenus de la présence du troll comme tous les élèves et professeurs par le professeur Quirrell au cours du banquet, arrivent à son secours et tentent de lui détourner l'attention. Ils réussissent finalement à mettre le troll hors d'état de nuire après que Ron ait (enfin) réussi à jeter correctement un Wingardium Leviosa sur le gourdin du troll, qui s'écrase ensuite sur la tête de ce dernier en retombant, l'assommant.
En guise de gratitude pour ce geste, Hermione va alors sauver la face à ses deux sauveurs devant les professeurs, accourant afin de s'occuper du troll. Elle va même jusqu'à égratigner son image notamment auprès du professeur McGonagall, en lui mentant, lui faisant croire qu'elle voulait s'occuper du troll à elle seule et que Harry et Ron ont finalement dû venir à sa rescousse. Au final, McGonagall va ajouter cinq points à Gryffondor, en retirant cinq à Hermione mais en accordant cinq à Harry comme à Ron. Cet événement va définitivement sceller l'amitié entre Hermione et les deux garçons, qui vont former ensemble un inoubliable trio tout au long de leur scolarité.
Tandis que l'année se poursuit, Hermione va de plus en plus nourrir avec Harry et Ron des soupçons à l'encontre du professeur Rogue (qu'elle déteste tout comme eux), tandis que d'étranges événements se produisent et vont même jusqu'à menacer Harry. En effet, ce dernier ayant remarqué une blessure sur la jambe de Rogue le soir où ils ont affronté le troll (que celui-ci aurait fait rentrer dans le château pour faire diversion), ils vont rapidement le soupçonner de vouloir s'emparer de quelque chose, en l'occurrence gardé par le chien à trois têtes sous la trappe au troisième étage. Pendant le premier match de Quidditch d'Harry, le nouveau balai de celui-ci, un Nimbus 2000, va devenir incontrôlable. Hermione va alors découvrir à l'aide de jumelles Rogue en train de prononcer des formules en regardant dans sa direction. Croyant que ce dernier tente de faire tomber Harry de son balai afin de s'en débarrasser, elle va se précipiter jusqu'à lui afin de l'en empêcher, lui jetant un sort faisant s'enflammer sa cape. Grâce à cela, Harry va réussir à reprendre possession de son balai et remporter le match en s'emparant du Vif d'or.
Après le match, au cours d'une conversation avec Hagrid, le garde-chasse de l'école, les trois amis vont apprendre de sa bouche que ce que garde le chien à trois têtes (qu'Hagrid a confié à Dumbledore) concerne le directeur de l'école et un certain Nicolas Flamel. Hermione va alors rapidement mener des recherches en compagnie d'Harry et Ron pour découvrir de qui il s'agit. Au bout de quelques mois, après des recherches restées vaines, y compris dans la réserve de la bibliothèque, défendue aux élèves, Hermione va tomber sur ce nom par hasard dans un livre qu'elle avait emprunté. Ils vont alors découvrir qu'il s'agit d'un très vieil alchimiste né à la fin du Moyen-Âge et ayant créé la Pierre philosophale. Ce serait cette pierre dotée de grands pouvoirs, car permettant d'accéder à l'immortalité, dont Rogue chercherait à s'emparer. Suite à une retenue en compagnie d'Hagrid dans la Forêt interdite (pour être sortis du château en pleine nuit), ils vont apprendre que c'est Voldemort lui-même (dont Harry a croisé ce qu'il en reste dans la Forêt) qui cherche à s'emparer de la Pierre afin de retrouver ses pouvoirs, et en déduire que Rogue chercherait à s'en emparer pour la lui donner.
Souhaitant agir au plus vite, le trio va alors passer à l'action et passer sous la trappe, faisant face à Touffu (le chien à trois têtes) ainsi qu'à diverses épreuves que chacun vont se charger de résoudre. Hermione va notamment leur permettre de passer celle du Filet du Diable, se rappelant d'un cours d'herbologie où elle avait appris que cette plante carnivore tentaculaire déteste la lumière. Après qu'Harry leur ait permis de passer celle des clefs volantes et Ron celle de l'échiquier géant après s'être sacrifié, elle va finalement veiller sur ce dernier ayant perdu connaissance et laisser Harry faire face seul à Rogue (qui va en fait se retrouver face au professeur Quirrell, cachant Voldemort sous son turban), après l'avoir encouragé de bonnes paroles. Elle rejoindra ensuite la sortie en conduisant Ron à l'infirmerie, et enverra un hibou à Dumbledore, qui se chargera de récupérer Harry après son affrontement avec Quirrell.
Quelques jours plus tard, Hermione, en compagnie d'Harry et Ron, va être récompensée par le professeur Dumbledore pour sa bravoure, et participer à la victoire de Gryffondor à la Coupe des Quatre Maisons, recevant 50 points « pour le calme et l'intelligence dont elle a fait preuve alors que ses camarades étaient en grand danger ». Cette première année fabuleuse à l'école des sorciers s'est ainsi terminée dans la joie et la bonne humeur.
Retournant chez ses parents pour l'été, dans le monde moldu, elle ne retrouve ses deux amis que quelques jours avant la rentrée en 2e année, en retournant sur le Chemin de Traverse afin de s'acheter ses nouvelles fournitures et nouveaux livres. Retrouvant les Weasley chez le libraire Fleury & Bott, puis Harry qui les rejoint après s'être égaré dans l'Allée des Embrumes (avant d'être récupéré par Hagrid), elle assiste en compagnie de ses parents (autorisés malgré leur statut à se joindre aux sorciers) à la rencontre organisée avec Gilderoy Lockhart, célèbre sorcier auteur de best-sellers qu'elle a, comme la plupart de la gente féminine, pris en admiration depuis qu'elle a lu tous ses livres dans lesquels il est le héros.
Retournant ensuite à Poudlard (après une désagréable rencontre avec Drago Malefoy et son père, lui ayant fait remarqué son ascendance moldue), elle n'a pas l'occasion de retrouver Harry et Ron dans le Poudlard Express, ceux-ci ayant raté le train et s'étant vus obligés d'aller à Poudlard à l'aide de la voiture volante du père de Ron. Les retrouvant à l'école des sorciers après leurs aventures, elle va rapidement retrouver ses bonnes habitudes en faisant gagner des points à leur maison (notamment en cours de botanique sur les mandragores, assuré par le professeur Chourave). Lors du premier cours de Défense contre les Forces du Mal de l'année, qui leur permettra de retrouver Gilderoy Lockhart en tant que professeur, c'est elle qui va réussir à mettre hors d'état de nuire les lutins de Cornouailles lâchés malencontreusement par Lockhart dans sa salle de classe, en leur jetant un Immobilus.
Un peu plus tard, Hermione va une nouvelle fois faire face à Drago Malefoy, qui agacé par une de ses remarques après qu'il soit devenu Attrapeur de l'équipe de Quidditch de Serpentard, va l'insulter de « Sang-de-Bourbe », ce qui va une fois de plus profondément la blesser (Hermione connaissant la signification de cette insulte discriminatoire à l'encontre des sorciers nés de parents moldus). Peu après ça, Hermione va assister avec Harry et Ron à l'événement marquant l'ouverture de la Chambre des Secrets, en découvrant un message de l'héritier de Serpentard écrit avec du sang sur les murs du château, ainsi que Miss Teigne pétrifiée et pendue à un crochet du mur, qui sera la première victime d'une longue série d'attaques à l'encontre d'élèves nés-moldus dont Hermione fait partie. Afin de découvrir quel est l'auteur de ces attaques, Hermione, Harry et Ron vont rapidement porter leurs soupçons sur Drago Malefoy, s'étant fait remarqué d'eux, méprisant comme son père les élèves de Poudlard nés de parents moldus. Pour cela, Hermione va se charger de préparer une potion pendant un mois, le Polynectar, qui leur permettra de prendre l'apparence d'élèves de Serpentard afin de soutirer des informations à Malefoy et pourquoi pas lui faire avouer si c'est bien lui le commanditaire des attaques. La potion prête à Noël, Harry et Ron se chargeront d'aller voir Malefoy (qui finalement leur révélera qu'il ne l'est pas) en prenant l'apparence de ses deux plus fidèles amis (ou gardes du corps) : Crabbe et Goyle. Hermione ne pourra malheureusement pas les rejoindre, ayant confondu les cheveux d'une élève de Serpentard dont elle devait prendre l'apparence à des poils de chat, et se transformant donc en chat. Après un court séjour à l'infirmerie, elle mènera quelques recherches de son côté, en empruntant quelques livres à la bibliothèque. Empruntant sans doute un exemplaire des Animaux fantastiques, elle finira par deviner que le monstre de la Chambre des Secrets attaquant les élèves en les pétrifiant n'est autre qu'un Basilic, antique créature qui est en fait un serpent géant au regard mortel, que les araignées craignent par-dessus tout. Mais après avoir découvert cette information, elle finira par être pétrifiée à son tour, le Basilic, se servant de la plomberie pour se déplacer, passant dans un couloir et la pétrifiant alors qu'elle regardait derrière elle à l'aide d'un miroir.
Plus tard, Harry et Ron découvriront néanmoins la page du livre contenant l'information, qu'elle avait conservé dans sa main, et iront ensemble résoudre l'énigme de la Chambre des Secrets. Hermione sera ramenée à la vie suite à cela grâce à une potion faîte à base de mandragores qui permettra aux victimes de se réveiller. Elle rejoindra alors avec joie Harry et Ron dans la Grande Salle et les félicitera pour leur victoire malgré son absence.
On retrouve Hermione l'année suivante au Chaudron baveur, en compagnie de Ron, qui vient de rentrer d'Egypte avec sa famille. De passage sur le Chemin de Traverse comme chaque année pour acheter ses fournitures scolaires, Hermione en a profité pour les rejoindre et s'offrir, en plus de ses nouveaux livres, un chat persan orange qu'elle a baptisé Pattenrond. Assez vite, Ron et elle vont néanmoins se chamailler, ce chat ayant la fâcheuse habitude de courir après son rat Croûtard. C'est au cours d'une de ces disputes qu'Harry va les retrouver, lui aussi ayant trouvé refuge au Chaudron baveur après avoir fugué de chez les Dursley, qu'il ne peut décidément plus supporter.
De retour à Poudlard, surveillé par les Détraqueurs (créatures des ténèbres gardiens de la prison d'Azkaban, ayant même fait leur apparition dans le train) alors que le monde des sorciers est sur le qui-vive après l'évasion de Sirius Black, qui aurait été le plus fidèle partisan de Voldemort, Hermione va assister à de nouveaux cours avec ses camarades de troisième année, notamment la divination (qu'elle va rapidement considérer comme la matière la plus indigne d'intérêt – à la fin de l'année, elle quittera même un cours du fantasque professeur Trelawney en pleine intervention, ne pouvant plus supporter ses airs de voyante) et les soins aux créatures magiques, enseignés pour la toute première fois par nul autre qu'Hagrid ! Néanmoins, Hermione, ayant postulé à toutes les matières possibles en option (telles que l'arithmancie ou l'étude des runes), va avoir bien du mal à assister à tous ses cours, certains se chevauchant. Pour remédier à ce problème, le professeur McGonagall, l'encourageant dans cette démarche, va secrètement lui fournir un objet extrêmement utile dont elle lui fera promettre de ne jamais révéler l'existence : un retourneur de temps. Grâce à ce petit sablier magique lui permettant de remonter le temps, elle va pouvoir assister à tous ses cours sans problème.
En plus des cours, Hermione et les autres élèves de troisième année ont la possibilité d'aller à Pré-au-Lard, le village voisin composé exclusivement de sorciers. Se retrouvant au départ avec Ron, Harry ne pouvant pas les accompagner faute d'autorisation signée, Hermione et lui sont finalement rejoints par ce dernier au cours de Noël, s'étant servi de sa cape d'invisibilité et de sa nouvelle carte du Maraudeur pour emprunter un passage secret jusqu'au village. Ron et elle étant une nouvelle fois pris à partie par Malefoy et ses compères, Harry les fera déguerpir en se jouant de leurs peurs. Quelques instants plus tard, Hermione le console après qu'il ait appris que Sirius Black était en fait son parrain (en tant qu'ancien ami de son père James) mais avait fini par livrer ses parents à Voldemort.
L'année se poursuit et les tensions se manifestent de plus en plus entre Ron et Hermione à cause de leurs fidèles compagnons. Elles atteignent leur paroxysme au moment où Ron perd Croûtard, qu'il croit avoir été dévoré par Pattenrond. Celui-ci retrouvera finalement son rat (ayant fugué) dans la cabane de Hagrid (Hermione lui demande alors de lui faire de plates excuses), le trio étant venu soutenir ce dernier alors que son hippogriffe Buck est sur le point d'être exécuté par la faute de Drago Malefoy. Avant cela, Hermione, Harry et Ron vont d'ailleurs être une dernière fois confrontés à celui-ci, étant venu avec ses comparses pour observer la scène et s'en réjouir. Excédée, Hermione va alors littéralement retrousser ses manches et le menacer de sa baguette, avant de lui asséner un violent coup de poing en pleine tête (les faisant une nouvelle fois déguerpir) !

Après être allés voir Hagrid et avoir assisté (semble-t-il) à l'exécution de Buck, Croûtard échappera une nouvelle fois des mains de Ron après l'avoir mordu. Le trio va alors se retrouver confronté à celui qui le menace, un chien enragé qui s'avère être en fait Sirius Black. Ayant emporté Ron avec lui de force une fois qu'il ait récupéré son rat, Harry et Hermione vont le retrouver dans la Cabane hurlante après avoir échappé avec difficulté aux branches du Saule cogneur. Là, Hermione et les deux autres vont assister à plusieurs révélations. Hermione étant prête à se sacrifier pour Harry afin d'empêcher Black de le tuer, celui-ci va leur apprendre qu'il n'est pas le vrai coupable. Ce dernier est en fait Peter Pettigrow alias Queudver, qui n'est autre que Croûtard, le rat de Ron. Rejoints par Lupin (nouveau prof de Défense de l'année en cours et ancien ami de Black) puis Rogue, ils vont sortir de la Cabane mais faire face à la transformation de Lupin en loup-garou, que Sirius transformé en chien puis Harry se chargeront finalement d'éloigner.
Se retrouvant à l'infirmerie (Harry ayant perdu connaissance après un affrontement face aux Détraqueurs et Ron ayant été blessé à la jambe par Black), Hermione réveille Harry pour le prévenir de la capture de Sirius. Dumbledore les rejoint alors et intime Hermione de réagir (en faisant référence au temps) tout en lui assurant qu'il ne peut rien faire. Hermione a compris le message et emmène Harry avec elle afin qu'ils remontent le temps. Au cours de moult péripéties, ils vont réussir à sauver Buck de son exécution, à se sauver de Lupin transformé en loup-garou et des Détraqueurs, et enfin à libérer Sirius. Ce dernier les remerciera alors en qualifiant même Hermione de « plus brillante des jeunes sorcières », qu'il ait rencontré, sans doute.
C'est ainsi qu'une autre année se termine de la plus belle des manières. On retrouve Hermione au Terrier au cours de la suivante. Arrivée pour passer la fin des vacances d'été avec Harry et les Weasley, elle va accompagner ces derniers à la Coupe du Monde de Quidditch, afin d'assister à la finale opposant l'Irlande à la Bulgarie. Suite à cela, elle se retrouve confrontée avec les autres au rassemblement des Mangemorts, saccageant le campement des spectateurs après le match remporté par l'Irlande.
De retour à Poudlard, elle va assister avec les autres à l'arrivée de deux écoles de sorcellerie, Beauxbâtons et Durmstrang, venues participer au Tournoi des Trois Sorciers. C'est impuissante qu'elle va ainsi assister à la sélection d'Harry malgré lui à ce tournoi par la Coupe de Feu. Elle va alors se retrouver dans une situation délicate, Ron doutant de la bonne foi d'Harry quand il dit qu'il n'y a pas déposé son nom et n'a jamais voulu y participer, les deux amis entrant en conflit de ce fait. C'est agacé qu'elle va même devoir fournir une information à Harry que Ron a eu concernant la première tâche, Hagrid souhaitant informer le deuxième champion de Poudlard (après Cedric Diggory) de la teneur de cette tâche incluant des dragons. Plus tard, après qu'Harry et Ron se soient réconciliés, l'échéance du bal de Noël (tradition du Tournoi) va conduire l'ensemble des élèves à rechercher un cavalier ou une cavalière. Au cours de cette année faîte de rencontres, Hermione va se retrouver attirée par le charme de Viktor Krum, le champion de Durmstrang qui s'avère aussi être l'Attrapeur de l'équipe de Quidditch de Bulgarie finaliste de la dernière Coupe du Monde. Lui aussi intrigué par elle, alors qu'ils s'échangeaient souvent des regards dans les couloirs du château, il va lui demander d'être sa cavalière. Hermione ne pourra alors s'empêcher d'accepter, d'autant que dans le même temps, ni Harry ni Ron (qu'elle avait sans doute espérée, désespérément...) n'auront eu l'audace de le lui demander (alors qu'eux-même n'avaient toujours pas trouvé de partenaire).
C'est ravie qu'elle va alors se retrouver au bras de la star de Quidditch, champion de son école, et danser avec lui toute la soirée du bal. Malheureusement pour elle, la soirée ne se terminera pas comme elle a commencé, Ron commençant à manifester de la jalousie à son égard, en l'accusant de vouloir fraterniser « avec l'ennemi ».
Après Noël, Hermione va continuer à soutenir Harry, confronté aux épreuves du Tournoi, en essayant tout d'abord de résoudre l'énigme de l'½uf d'or qui le conduira à la seconde tâche. Celui-ci va découvrir qu'il s'agit d'aller chercher quelque chose dans le lac de Poudlard, mais avant qu'Hermione et lui aient trouvé un moyen de respirer sous l'eau pendant une heure, Hermione va être conviée dans le bureau du professeur McGonagall avec Ron. Là, celle-ci va leur faire boire un breuvage qui va les faire tomber dans un sommeil profond, afin qu'ils soient ensuite placés dans le lac. Hermione sera ainsi la cible à atteindre pour Viktor Krum au royaume des sirènes, autrement dit une personne qui lui tient particulièrement à c½ur. Ce dernier réussira sans problème à la délivrer des démons aquatiques.
Quelques semaines plus tard, Hermione assistera avec horreur à la mort de Cedric Diggory à la fin de la troisième tâche, et au retour de Voldemort, Harry étant revenu d'un cimetière avec son corps où le Seigneur des Ténèbres a retrouvé ses pouvoirs après l'avoir fait tuer. La jeune sorcière comprendra alors qu'après cet événement, plus rien ne serait comme avant.
Dès l'année suivante, elle va en effet être conviée à rejoindre Ron et les Weasley au 12, square Grimmaurd, vieille maison de famille de Sirius (située à Londres) dans laquelle ce dernier s'est réfugié, et qui est devenue du même coup le nouveau quartier général de l'Ordre du Phénix, reformé par Dumbledore. Cette société secrète de sorciers a en effet repris du service après le retour de Voldemort. Le directeur de Poudlard va d'ailleurs interdire dans un premier temps à Hermione et Ron de contacter Harry, resté coincé chez son oncle et sa tante. Mais celui-ci faisant face à une attaque de Détraqueurs avec son cousin, il va vite les rejoindre afin d'être mis en sécurité et de connaître la vérité. La vérité, c'est qu'en effet le ministère de la Magie a décidé de ne pas croire au retour de Voldemort, et veut même se servir du prétexte des Détraqueurs pour exclure Harry de Poudlard ! Après une audience au ministère et une intervention de Dumbledore, Hermione, Harry et Ron retournent à Poudlard, où une adjointe du ministre de la Magie a été nommée nouveau professeur de Défense. Ils vont rapidement se rendre compte que cette agente nommée Dolores Ombrage a été envoyée pour prendre le contrôle de l'école et surveiller Harry et Dumbledore. Celle-ci refusant de leur enseigner comme il faut les sortilèges de Défense, Hermione va proposer à Harry de former eux aussi une association d'élèves qui voudront bien s'exercer à pratiquer ces sortilèges, dans l'optique de la menace d'une guerre à venir. L'Armée de Dumbledore est ainsi née.
Au cours de l'année, Hermione va s'exercer avec les autres à jeter des sortilèges de Défense incluant la Stupéfixion ou le Patronus, afin de s'améliorer. L'association sera malheureusement dissoute une fois que Dolores Ombrage, devenue Grande Inquisitrice de l'école, aura découvert leur repère de la Salle sur Demande, se servant de ce prétexte pour prendre la place de Dumbledore en tant que directrice de Poudlard. Cela ne va néanmoins pas durer. En effet, Hermione et Harry vont réussir à la conduire jusqu'à la Forêt interdite, croyant dans sa paranoïa que Dumbledore y a caché une arme secrète qui lui permettrait de renverser le ministère. Aidés de Graup, le demi-frère d'Hagrid que ce dernier a ramené de chez les géants, Hermione et lui vont être débarrassée d'elle, emportée par les centaures en révolte.
Après cela, Hermione va participer à la mission menée par Harry qui visera à sauver Sirius des griffes de Voldemort, qui aurait, selon une vision d'Harry, pris en otage le parrain de ce dernier au Département des Mystères, au ministère de la Magie. Finalement, ils vont découvrir sur place que cette vision était une ruse pour les attirer et vont être confrontés à une demi-douzaine de Mangemorts y convoitant une prophétie pour Voldemort. Secourus par les membres de l'Ordre du Phénix puis par Dumbledore venu combattre Voldemort, les six adolescents (Harry, Ron, Neville, Ginny, Luna Lovegood et Hermione) vont s'en sortir, mais assister à la mort de Sirius.
L'année suivante (en théorie avant-dernière de leur scolarité), Hermione passe une nouvelle fois ses vacances en compagnie des Weasley, et retrouve ainsi Harry et Ron au Terrier. Quand Harry va soupçonner Drago Malefoy d'être devenu un Mangemort après qu'ils l'aient suivi sur le Chemin de Traverse jusqu'à Barjow & Beurk, elle ne va pas le croire. À Poudlard, Hermione va de nouveau réprimander Harry, ayant découvert un mystérieux livre (appartenant à un certain Prince de sang-mêlé) lui faisant réussir toutes ses potions, mais qu'elle va lui déconseiller d'utiliser, pensant qu'il a une mauvaise influence sur lui (mais au fond d'elle par jalousie de voir Harry la surpasser en potions). Malgré tout, le professeur Slughorn, maître des potions sortant de sa retraite pour remplacer Rogue, la remarque et lui propose d'intégrer le club de Slug, son cercle rapproché d'élèves qu'il trouve digne d'intérêt. Cette année-là, Hermione, attirée malgré elle de plus en plus par Ron, va de nouveau se fritter avec lui par jalousie. Incapable de deviner qu'elle a des sentiments pour lui (les lui cachant sans aucun doute), celui-ci va tout faire pour se faire remarquer d'elle, notamment en connaissant sa première expérience « amoureuse », se laissant tomber dans les bras de Lavande Brown, une élève de Gryffondor séduite par lui. Tombant dans son piège, Hermione va à son tour éprouver de la jalousie, ne plus lui adresser la parole pendant quelques temps et fréquenter un garçon rival de Ron qui la convoite (mais qu'elle ne peut pas supporter) : Cormac McLaggen, faisant également parti du club de Slug. Finalement, Ron va finir par rompre d'avec Lavande et Hermione se rapprocher définitivement de lui après que celui-ci ait été empoisonné par un hydromel suspect destiné à Dumbledore.
À la fin de l'année, Dumbledore va finalement être tué par Severus Rogue, ce qui va finir par conduire Voldemort et ses Mangemorts au pouvoir. Néanmoins, Harry va leur révéler à Ron et elle le secret de l'immortalité de son ennemi qu'il a découvert avec Dumbledore, et Hermione et lui vont s'engager à suivre Harry dans sa quête des Horcruxes dès l'année suivante, ceux-ci ne pouvant de toute façon plus retourner à Poudlard, Dumbledore ne pouvant plus les protéger des Forces du Mal.
Avant cela, Hermione va devoir prendre des dispositions pour protéger ses parents moldus des Mangemorts, en leur administrant un sortilège d'Amnésie leur incitant à aller s'établir en Australie, le plus loin possible de Voldemort. Elle rejoint ensuite Harry chez lui au 4, Privet Drive en compagnie de Ron et des membres de l'Ordre du Phénix, afin de l'escorter en toute sécurité jusqu'au Terrier. Elle prend même l'apparence d'Harry à l'aide du Polynectar pendant la mission, le temps du voyage. Chez les Weasley, elle assiste au mariage de Bill Weasley et Fleur Delacour avant d'être contrainte de s'enfuir avec Harry et Ron, alors que les Mangemorts attaquent le Terrier après avoir réussi à renverser le ministère. Hermione conduit alors les deux garçons à Londres, dans une rue fréquentée de la capitale anglaise dans laquelle elle allait souvent au théâtre avec ses parents. Ils font face à deux Mangemorts dans un café, avant de rejoindre le 12, square Grimmaurd, où ils vont s'établir quelques jours. À la recherche d'un Horcruxe, ils vont ensuite infiltrer le ministère. Dirigeant les opérations, Hermione va de nouveau préparer du Polynectar pour prendre l'apparence de trois employés du ministère. Elle prend l'apparence de Mafalda Hopkrik, secrétaire assistant Dolores Ombrage. Elle va d'ailleurs rapidement se retrouver face à elle, possédant l'Horcruxe-médaillon qu'ils recherchent et dirigeant la Commission d'enregistrement des Nés-Moldus (à laquelle elle aurait pu faire partie). À l'arrivée d'Harry et Ron (sous leur déguisement), elle s'enfuit avec eux en emportant le médaillon d'Ombrage et ils quittent le ministère en transplanant. Malheureusement, Ron ayant été gravement blessé car désartibulé, elle met tout en ½uvre pour le soigner de ses plaies béantes.
Hermione et les deux garçons entament alors un long voyage à travers plusieurs comtés, s'éloignant le plus possible du monde des sorciers en péril tout en tentant de récolter des indices sur d'autres Horcruxes. Malheureusement, à sa grande tristesse, Ron ne va pas supporter cet exil très longtemps, et faire une nouvelle fois preuve de jalousie en prétextant une liaison entre Harry et Hermione pour les laisser tomber, partant retrouver sa famille (qu'il ne retrouvera néanmoins pas). Hermione va alors s'en trouver profondément malheureuse. Malgré tout, elle va continuer à accompagner Harry dans sa quête, et ensemble ils vont aller à Godric's Hollow, village de naissance du Survivant. Après avoir découvert la tombe de James et Lily et leur maison détruite par la disparition de Voldemort, Hermione et lui se retrouvent confrontés à Nagini, serpent de Voldemort ayant pris l'apparence de Bathilda Tourdesac, historienne de la Magie ayant vécu dans ce village. Après y avoir échappé (et qu'Hermione ait brisé malgré elle la baguette à plume de phénix d'Harry), Ron finit par les rejoindre après avoir sauvé Harry de la noyade (alors qu'il tentait de récupérer l'épée de Gryffondor). Se réveillant dans la tente dans laquelle ils campent, Hermione va le découvrir accompagné d'Harry, et déverser sa colère sur lui, bien qu'elle soit finalement soulagée de le retrouver. Celui-ci, pour tenter de la consoler, va lui ouvrir son c½ur.
Quelques jours ayant passé, Hermione va décider d'aller chez Xenophilius Lovegood (le père de Luna) afin de résoudre l'énigme des Reliques de la Mort. Après leur avoir lu le conte des trois frères y faisant référence, grâce à son exemplaire des contes de Beedle le Barde qu'elle a reçu de Dumbledore dans son testament, elle va se faire capturer par des Rafleurs en compagnie d'Harry et Ron, et conduire jusqu'au manoir des Malefoy, jetant un sort sur Harry afin qu'on ne puisse pas le reconnaître dans un premier temps. Tandis que les deux autres vont être enfermés dans les sous-sols du manoir, Hermione va être prise à partie par la Mangemort Bellatrix Lestrange, et littéralement torturée par elle lorsqu'elle va découvrir qu'ils possèdent l'épée de Gryffondor, censée être entreposée dans sa chambre forte de Gringotts. Finalement sauvés par l'elfe Dobby, ils vont se retrouver chez Bill et Fleur à la Chaumière aux coquillages. Là-bas, ils vont faire équipe avec le gobelin Gripsec, qu'ils ont emmené avec eux du manoir, afin d'infiltrer Gringotts et la chambre forte de Bellatrix pour récupérer un Horcruxe (ayant deviné que Bellatrix craignait qu'ils l'aient déjà dérobé). Après avoir réussi leur mission, Hermione leur ayant même permis de s'échapper de Gringotts à dos de dragon, ils vont rejoindre Poudlard où Harry pense qu'un Horcruxe pourrait s'y cacher.
Passant d'abord à Pré-au-Lard, ils y rencontrent Abelforth, le frère d'Albus Dumbledore, qui leur permet d'accéder au château, dirigé à présent par Severus Rogue et surveillé par des Mangemorts et des Détraqueurs. Arrivés dans la Salle sur Demande où ils retrouvent l'ensemble de leurs camarades, Hermione va participer à la résistance en organisant l'opération visant à renvoyer Rogue de l'école. Ce à quoi ils vont réussir à l'aide du professeur McGonagall. Mais Voldemort, ayant rapidement vent de cette rébellion, va leur soumettre la requête de leur livrer Harry sous peine d'attaquer Poudlard avec sa nouvelle armée. Pendant que les élèves, professeurs, parents d'élèves et derniers membres de l'Ordre du Phénix vont se charger de défendre l'entrée du château et qu'Harry va se lancer à la recherche du diadème de Serdaigle, Hermione et Ron vont se charger d'aller détruire l'autre Horcruxe récupéré à Gringotts, en l'occurrence la coupe de Poufsouffle. Pour cela, ils vont aller dans la Chambre des Secrets, où Hermione va se charger à la demande de Ron de la détruire à l'aide d'un crochet de Basilic. C'est suite à cette expérience qu'Hermione et Ron vont (enfin) s'embrasser pour la première fois, se prouvant une bonne fois pour toute leur amour partagé. Après cela et l'attaque de Voldemort débutant la bataille de Poudlard, Ron et elle vont se dépêcher de retrouver Harry dans la Salle des Objets Cachés et le sortir d'affaire d'une ultime confrontation avec Drago Malefoy et sa bande, alors qu'il vient de récupérer le diadème. Après avoir échappé à un Feudeymon lancé par eux et incendiant toute la salle, ils vont détruire l'Horcruxe, avant d'aller chercher le dernier qui est en fait Nagini, le fidèle compagnon reptile de Voldemort. Avec Harry et Ron, Hermione assiste alors à la mort de Rogue, éliminé par le Seigneur des Ténèbres pour pleinement conquérir la Baguette de Sureau. Retournant dans la Grande Salle après le retrait des Mangemorts du château, ils vont découvrir les importantes pertes subies par leurs amis et alliés. Hermione se devra de consoler Ron, ayant perdu son frère Fred pendant la bataille. Retrouvant un peu plus tard Harry, ayant découvert la véritable allégeance de Rogue et son propre destin, elle ne peut l'empêcher d'aller se sacrifier pour conjurer le sort, Harry étant lui-même un Horcruxe et empêchant donc Voldemort de mourir.
Quelques heures plus tard, Hermione assiste à ce qu'elle croit être la victoire de Voldemort, ayant enfin tué Harry dont Hagrid porte le corps dans ses bras. Mais Harry se réveillant finalement après une diversion courageuse de Neville malgré lui, elle reprend le combat aux côtés des autres et se charge d'une dernière mission avec Ron : détruire le dernier Horcruxe, Nagini. La tâche s'avérant plus compliquée que prévue, le serpent est finalement tué par Neville alors qu'elle et Ron étaient sur le point d'être mordus et tués par ce dernier, dans une dernière étreinte. Ce geste héroïque permet à Harry de se débarrasser définitivement de Voldemort, n'ayant plus que son corps pour survivre.
Après cela, Hermione a profité des premiers moments de paix dans le monde des sorciers pour passer du temps avec son nouveau fiancé et son meilleur ami.
Bien qu'on ne connaisse pas vraiment ce qu'a fait Hermione après la bataille de Poudlard, on sait à peu près ce qu'elle est devenue. Ayant fait ce qu'il faut pour terminer ses études correctement (tout de même !), elle a commencé alors une carrière au ministère de la Magie afin de devenir Auror. Finalement, elle est devenue juriste au ministère (au Département de la Justice magique). Concernant sa vie privée, elle s'est bien sûr mariée avec Ron, avec qui elle a eu deux enfants : Rose et Hugo.
Emma Watson est une actrice britannique née le 15 avril 1990 à Paris en France.
2001-02 : HP1 & 2
2004-05 : HP3 & 4
2007 : HP5
2008 : La Légende de Despereaux (Princesse Petit Pois, VO)
2009 : HP6
2010-11 : HP7.1 & 2
2012 : My Week with Marilyn (Lucy) & Le Monde de Charlie (The Perks of Being a Wallflower) (Sam)
2013 : The Bling Ring (Nicki) & C'est la fin (This is the End) (elle-même)
2014 : Noé (Illa)
2015 : Regression (Angela Gray) & Colonia (Lena)
2016 : The Circle (Mae Holland)
2017 : La Belle et la Bête (Belle)